As câmaras do Conselho Nacional de Educação possuem competência para deliberar sobre diretrizes curriculares, de acordo com o entendimento unânime dos ministros do Supremo Tribunal Federal. Eles julgaram uma ação que questionou a Lei 9.131/1995, que alterou dispositivos da antiga Lei de Diretrizes e Bases da Educação Nacional.

A ação foi ajuizada pela Confederação Nacional dos Estabelecimentos de Ensino (Confenen) em 1996. A entidade pediu a declaração de inconstitucionalidade da Lei 9.131/1995, que alterou a Lei 4.024/1961 (Lei de Diretrizes e Bases), criando novas atribuições para as câmaras do Conselho Nacional de Educação.
A Confenen alegou que a lei foi resultado da "conversão de inúmeras reedições de medidas provisórias, o que afastaria a urgência e relevância na utilização desse instrumento normativo", e que são transferidos indevidamente para as câmaras poderes do presidente da República e do ministro da Educação, além de serem "usurpadas competências dos estados e do Distrito Federal, enfraquecendo os conselhos estaduais de educação". Em 1997, o Plenário do STF indeferiu a medida cautelar requerida pela entidade.
O julgamento ocorreu em plenário virtual. O relator do caso foi o ministro Nunes Marques, que votou pela improcedência da ação. Sobre a questão das sucessivas medidas provisórias, o ministro afirmou que não viu elementos que caracterizassem abuso do uso do instrumento. "As alterações por ela trazidas, no ponto que interessa, isto é, no artigo 9º da Lei n. 4.024/1961, foram de cunho meramente organizacional. Com efeito, apenas se criaram atribuições para a Câmara de Educação Superior do Conselho Nacional de Educação".
Para Nunes Marques, cabe ao presidente da República responder pela administração superior do Poder Executivo. Sendo assim, é cabível a ele interferir por meio de atos administrativos, como as medidas provisórias. Além disso, "saber se essa alteração de competência interna do Ministério da Educação foi boa ou ruim é questão solucionada por juízo puramente político, insuscetível de controle jurisdicional".
Sobre a competência Conselho Nacional de Educação (antigo Conselho Federal de Educação), Nunes Marques sustentou que "nada há a prover em termos de controle de constitucionalidade". O ministro ressaltou que a Constituição Federal de 1988 não retirou qualquer competência dos conselhos.
Por fim, Nunes Marques destacou que o §1º, "c", do artigo 9º da Lei 4.024/1961 não trata de ensino superior, mas de ensino básico. Assim, "por seu turno, prevê a Carta da República (artigo 22, XXIV) que compete à União legislar sobre 'diretrizes e bases da educação nacional'. Logo, estando a lei federal dentro de seu quadro de competências, não se observa qualquer inconstitucionalidade nos dispositivos impugnados".
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ADI 1.397
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